El nivel de calprotectina en heces puede estar elevado en determinadas enfermedades que provocan inflamación del intestino, como la colitis ulcerosa y la enfermedad de Crohn. Por dicho motivo, en medicina se utiliza la determinación de ésta sustancia en heces como un parámetro para detectar la existencia de inflamación en el intestino.

Así mismo, conocer la determinación de la calprotectina fecal en el paciente, ayuda al médico para conocerla respuesta al tratamiento de la enfermedad inflamatoria intestinal crónica, y como un seguimiento a estos pacientes durante los chequeos médicos para permitir la detección temprana y el tratamiento de las recaídas en la Enfermedad Inflamatoria Intestinal.